Suryo Prabowo pernah beberapa kali melawan perintah atasannya.
Dikisahkan dalam buku biografi Letjen (Purn) J Suryo Prabowo berjudul "Si Bengal Jadi Jenderal" karya Tony Setiawan dan Maria Dominique Setiawan, Suryo Prabowo pernah menolak perintah Prabowo Subianto.
Ini terjadi kala Prabowo Subianto masih berpangkat Brigadir Jenderal.
Saat itu Suryo Prabowo yang masih berpangkat Letnan Kolonel.
Baca Juga:Panen Nyinyiran Usai Ditunjuk Dampingi Menhan, Suryo Prabowo: Salahku Apa?
Prabowo mengusulkan Suryo Prabowo menjadi Komandan Korem (Danrem) 164/Wiradharma Timor Timur.
Suryo Prabowo sempat menanyakan alasan Prabowo Subianto mengusulkannya sebagai Danrem 164.
Alasan Prabowo ketika itu lebih berdasarkan agama.
Hal ini membuat Suryo Prabowo tersinggung.
"Kalau alasannya karena agama, saya tidak mau menjabat sebagai Danrem di Timtim, Jenderal," ujar Suryo Prabowo (hal 69).
Baca Juga:Profil Suryo Prabowo Terlengkap
Penolakan Suryo Prabowo membuat Prabowo Subianto marah.